핵연료주기시설은 방사성물질을 상시 취급하는 공장이라 운영 단계의 안전조치가 빠지면 종업원 피폭과 사업소 밖 오염으로 이어진다. 핵연료주기시설운영자가 그 시설을 운영할 때에는 인체·물체 및 공공의 안전을 위하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안전조치를 하여야 한다. 시행령 제66조는 그 안전조치를 위원회규칙에 따른 ① 방사선관리구역 등에 대한 조치 ② 피폭방사선량 등에 관한 조치 ③ 핵연료주기시설의 순시 및 점검에 관한 조치 ④ 안전운전에 관한 조치 ⑤ 자체점검에 관한 조치 ⑥ 사업소(공장을 포함한다) 안에서의 안전운반에 관한 조치 ⑦ 사업소 안에서의 방사성물질등의 저장에 관한 조치 ⑧ 사업소 안에서의 방사성폐기물의 처리·배출 및 저장에 관한 조치로 정한다. 핵연료주기시설운영자 및 그 종업원은 제39조의4제2항제2호에 따른 안전관리규정을 준수하여야 한다. 다만 위원회가 핵연료주기시설의 사용목적이 연구용 또는 실험용인 경우, 시설의 특징 및 기술적인 차이로 그대로 적용하기 어려운 경우, 안전조치를 하지 않아도 기술적인 면에서 안전상 지장이 없는 경우로 인정하면 시행령 제66조제1항을 적용하지 않고, 영구정지에 관한 변경허가를 받은 운영자에 대해서는 위원회가 제1항 및 제2항의 일부를 적용하지 아니할 수 있다(재량).
「원자력안전법」 제118조(벌칙): 제40조제1항을 위반한 자는 300만원 이하의 벌금. 「원자력안전법」 제119조제3항(과태료): 제40조제2항을 위반하여 안전관리규정을 준수하지 아니한 자는 1,600만원 이하의 과태료.
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