감염병환자가 몰릴 때 급히 지정된 의료기관이 시설 없이 환자를 받으면 그 병원에서 일하는 의료진과 직원이 가장 먼저 감염되므로, 지정과 동시에 감염병관리시설을 갖추는 것이 종사자 보호의 출발점이다. 보건복지부장관, 질병관리청장, 시·도지사 또는 시장·군수·구청장은 감염병환자가 대량으로 발생하거나 법 제36조에 따라 지정된 감염병관리기관만으로 감염병환자등을 모두 수용하기 어려운 경우에는 감염병관리기관이 아닌 의료기관을 일정 기간 동안 감염병관리기관으로 지정하거나 격리소·요양소 또는 진료소를 설치·운영하는 조치를 취할 수 있다. 이렇게 지정된 감염병관리기관의 장은 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 감염병관리시설을 설치하여야 하며, 정당한 사유 없이 그 설치 명령을 거부할 수 없다. 시설의 설치 및 운영에 드는 비용은 보건복지부장관, 질병관리청장, 시·도지사 또는 시장·군수·구청장이 감염병관리기관에 지원하여야 한다. 보건복지부장관, 질병관리청장, 시·도지사 또는 시장·군수·구청장은 감염병 발생 등 긴급상황 발생 시 감염병관리기관에 진료개시 등 필요한 사항을 지시할 수 있다. 또한 감염병관리기관은 정당한 사유 없이 감염병환자등의 입소를 거부할 수 없다.
「감염병의 예방 및 관리에 관한 법률」 제80조제3호: 제37조제4항을 위반하여 감염병관리시설을 설치하지 아니한 자는 300만원 이하의 벌금. 제38조의 입소 거부 금지 위반에는 직접 벌칙 조문 없음 — 같은 법은 감염병관리기관이 감염병환자등의 입소를 거부한 것 자체에는 벌칙과 과태료를 두지 않는다(지정권자인 보건복지부장관·질병관리청장·시·도지사·시장·군수·구청장의 지도·감독 대상). 법인의 대표자나 법인 또는 개인의 대리인·사용인·그 밖의 종업원이 그 업무에 관하여 위반행위를 하면 같은 법 제82조 양벌규정에 따라 법인 또는 개인에게도 같은 벌금형을 과한다.
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